Após a extinção, é pedido a D. Maria II o usufruto da igreja do Mosteiro pela paróquia da Batalha, devido à ruína em que então se encontrava a igreja matriz, ao que a soberana acede. A celebração de missa dominical e em dias santos, bem como de casamentos tem sido prerrogativa da velha igreja monástica até à atualidade.
Durante a década de 40 do século XX, à semelhança do que, de resto, aconteceu um pouco por todo o País, renasceu o afã de devolver o templo à sua pretensa pureza gótica, despindo-o dos retábulos dos séculos XVI, XVII e XVIII que existiam nas suas capelas da cabeceira e do transepto. A Direcção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais empreendeu então um conjunto de diligências que levaram à desmontagem desses retábulos e à sua remontagem noutros templos. Por exemplo, o retábulo seiscentista da Capela de S. Miguel, panteão dos Condes de Miranda, junto ao portal do transepto, foi transferido para a capela-mor da igreja matriz da Batalha.
De igual modo, foi desmontado um monumental batistério neogótico que fora instalado à esquerda da entrada principal do templo para a igreja de Nossa dos Remédios, em Reguengo do Fetal.
Por razões de atualização litúrgica, de acordo com as deliberações da segunda sessão do Concílio Vaticano II, em 1963, o altar-mor, foi, após essa data, transferido do interior da capela-mor para o cruzeiro da igreja monástica.
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